An'anaviy distillash texnologiyasi bilan taqqoslaganda, molekulyar distillash quyidagi xususiyatlarga ega
1. Oddiy distillash - bu qaynoq harorati bo'yicha ajratish operatsiyasi, molekulyar distillash esa har qanday haroratda ajratilishi mumkin, agar sovuq va issiq yuzalar o'rtasida etarli harorat farqi mavjud bo'lsa. Shuning uchun molekulyar distillash operatsion harorati materialning qaynash haroratidan ancha past.
2. Oddiy distillashda puflash va qaynash hodisasi mavjud, molekulyar distillash esa suyuq plyonka yuzasining erkin bug'lanishi. Ish bosimi juda past. Odatda u 0,1 dan 1 Pa gacha bo'ladi. Isitish vaqti juda qisqa, odatda o'n soniyadan o'nlab soniyalargacha.
3. Oddiy distillashning bug'lanishi va kondensatsiyasi qaytariladigan jarayonlardir, suyuq faza va gaz fazalari dinamik fazalar muvozanatidadir. Molekulyar distillash jarayonida isitish yuzasidan qochib ketadigan molekulalar to'g'ridan-to'g'ri kondensatsiya yuzasiga uchib ketadilar va nazariy jihatdan isitish yuzasiga qaytishmaydi. Molekulyar distillash ehtimoli, shuning uchun ajratish oson bo'lmagan modda yo'q.